Le site de LASE a déménagé. Il se trouve maintenant à l'adresse http://xlase.free.fr/. Vous trouverez ci-dessous l'ancienne version de la page.

Qu'est-ce que LASE ?

LASE est un logiciel dédié à l'analyse des spectres d'absorption des rayons X. Il tourne sur toute machine disposant soit d'unix et X-Window, soit de Windows (95 ou 98), soit du TOS ou compatible (Magic Mac par exemple). Dans les trois cas, il dispose d'une interface graphique conviviale, qui permet de visualiser en temps réel l'effet des différents paramètres tout en laissant à l'utilisateur une grande liberté de choix.

LASE a été conçu au LURE, dans le cadre de l'analyse par spectroscopie d'absorption X de composés bioinorganiques. Il est donc particulièrement adapté à l'étude de tels composés : protéines, complexes de métaux de transition,...

LASE dispose d'options pour le traitement et l'analyse des spectres dans trois domaines :

  • extraction du signal EXAFS, avec analyse statistique éventuelle ;
  • création d'un modèle structural ;
  • comparaison des modèles théoriques avec l'expérience et recherche des paramètres optimaux du modèle.
  • Ces différents points sont repris et détaillés dans la suite de ce document.

    Comment obtenir LASE ?

    Cela dépend de la configuration que vous utilisez. Dans tous les cas, merci de mentionner l'utilisation de LASE lorsque vous présentez des résultats obtenus à l'aide de LASE.

  • Sous Unix/X-Window, LASE est distribué sous forme de code C à compiler. L'utilisation de LASE n'est soumise à aucune condition. Vous êtes aussi libres de modifier le code de LASE, mais uniquement pour votre usage personnel. Pour installer LASE, il suffit de répérer l'archive adéquate (voir plus loin), de la décompresser, de configurer le tout (voir le fichier LISEZ.MOI inclus dans l'archive) et de lancer la compilation en tapant
    make

    puis, si la compilation a pu être faite sans problème,

    make install

    pour installer le logiciel.

  • Sous TOS et compatible, LASE est distribué déjà compilé ; plusieurs versions existent, en fonction de votre configuration. Consultez le fichier lisez_moi inclus dans l'archive pour savoir laquelle choisir. L'archive est librement récupérable : voir plus loin.
  • Sous Windows, LASE est distribué déjà compilé.

  • Télécharger LASE

  • Archive de la version X-Window (unix) : zip (823 ko) ; tar gzipée (922 ko) ; tar bzipée (616 ko).
  • Archive de la version TOS (choisissez celle-ci si vous voulez utiliser l'affichage 3D. Nécessite les LDG, dont MESA, on fournies).
  • Archive de la version Windows
  • Quelques fichiers d'exemples. Le tutorial de LASE travaille sur ces fichiers.
  • La documentation, au format HTML, compressée au format zip (524 ko), tar/gz (516 ko) ou tar/bz2 (502 ko).
  • Dates de mise à jour

    Dates de dernière mise à jour
    Version format zip format gzip format bzip2
    X-Window 25 mai 2001 25 mai 2001 25 mai 2001
    Windows 23 janvier 2001 /
    TOS 6 février 2000 / /
    Exemples /
    Documentation 17 avril 2000 17 avril 2000 17 avril 2000

    Attention ! La version Windows est encore expérimentale. Certaines fonctions ne sont pas disponibles, d'autres ne sont pas entièrement implémentées. La version X-Window est nettement préférable pour un usage courant.

    Pour pouvoir profiter de la visualisation tridimensionnelle du modèle structural, vous devez disposer d'une bibliothèque 3D compatible Open-GL. Voyez par exemple Mesa.

    Pour connaître la liste des nouveautés depuis la dernière version, voyez ici


    Extraction des spectres EXAFS

    LASE dispose de nombreuses options permettant de traiter les données expérimentales brutes pour en extraire le signal EXAFS. Il inclut en particulier des outils statistiques permettant de gérer l'information issue de plusieurs enregistrements d'un même spectre.

    Récupération des données expérimentales

    Traitement d'ensemble du spectre

    Analyse statistique des spectres

    Extraction du signal EXAFS

    Filtrage des spectres

    Il se fait de façon classique, en utilisant les propriétés de la transformation de Fourier.


    Création d'un modèle structural

    LASE dispose d'un certain nombre d'options permettant la réalisation facile de modèles structuraux, nécessaires au calcul des spectres EXAFS théoriques qui seront utilisés lors de l'étape d'ajustement. Actuellement, ces modèles structuraux sont utilisables pour la création de fichiers de paramètres FEFF.

    Pour ses modèles structuraux, LASE raisonne en terme de « molécules ». Une molécule est un ensemble d'atomes, réunis pour une raison logique : molécule au sens propre, maille (ou groupe de mailles) cristallines,... Dans cette molécule, un ou plusieurs atomes peuvent être définis comme « absorbeurs » : un absorbeur regroupe un spectre EXAFS expérimental, éventuellement des spectres EXAFS modèles, un ensemble de chemins de rétrodiffusion du photoélectron, ainsi que des informations nécessaires aux ajustements.

    Chargement de données structurales

    LASE permet de charger trois types de fichiers structuraux : les fichiers *.COR créés par la Cambridge Cristallographic Databank ; les fichiers au format PDB et les fichiers ASCII créés par Carine. L'utilisation du logiciel Babel, qui permet de créer des fichiers au format PDB à partir de nombreux formats de fichiers décrivant des structures chimiques, permet en pratique de charger dans LASE à peu près n'importe quelle structure.

    Il est aussi possible de créer une structure directement dans LASE, soit à partir des coordonnées dans un repère orthonormé, soit à partir des coordonnées cirstallographiques fractionnaires. Pour quelques groupes d'espace (P1, P-1, P21, C2/c, Pnma), il est possible de générer automatiquement les atomes en positions équivalentes ; il est aussi possible de générer plusieurs mailles en une fois.

    Visualisation du modèle structural

    À condition de disposer des bibliothèques Open-GL adéquates (MESA convient parfaitement), il est possible de visualiser dans LASE le modèle structural créé soit à partir des fichiers chargés, soit directement dans le programme, à partir des coordonnées cristallographiques et du groupe d'espace.

    Dans ce cas, il est possible de connaître, directement en cliquant sur un ou plusieurs atomes, leurs coordonnées, les distances qui les séparent,... On peut aussi directement ajouter ou enlever des atomes d'un modèle destiné à FEFF. Si un absorbeur est sélectionné, les différents spectres EXAFS associés sont visualisés. Il est aussi possible de voir les différents chemins de rétrodiffusion, et leur contribution au signal après ajustement.

    Création d'un modèle pour FEFF

    LASE dispose d'une interface graphique permettant de paramétrer toutes les options de FEFF6, à l'exception de la commande OVERLAP.

    La création d'un modèle structural peut se faire automatiquement à partir des structures mémorisées par LASE, soit en intégrant tous les atomes mémorisés, soit uniquement les atomes situés à moins d'une certaine distance de l'atome défini comme absorbeur pour FEFF. Il est aussi possible de modifier ou de créer des atomes directement depuis l'interface de paramétrage de FEFF.


    Recherche des paramètres optimaux

    LASE permet de réaliser des ajustements dans l'espace des k (donc sur les spectres EXAFS), en tenant compte ou non des barres d'erreur déterminées lors de l'extraction du signal. Cet ajustement repose sur un modèle en chemins de diffusion dans l'environnement de l'atome absorbeur ; dans le cas où seule la réflexion simple intervient, un chemin est équivalent à une couche de réflecteurs.

    Pour chaque chemin, il est possible d'ajuster la dégénérescence (N, nombre de voisins), le facteur de Debye-Waller, la distance, quatre cumulants permettant de tenir compte d'une importante anharmonicité des liaisons, et éventuellement les valeurs de correction de l'énergie de seuil et de libre parcours moyen.

    En plus de ces variables, il est possible d'ajuster une correction de l'énergie de seuil générale pour le spectre, ainsi que le facteur de réduction électronique S02. Dans le cas d'ajustement simultané sur plusieurs absorbeurs (travail sur plusieurs éléments ou avec plusieurs environnements pour un même élément), ces paramètres sont associés à l'absorbeur. Dans le cas de systèmes avec plusieurs sites possibles pour le même type d'atome, il est aussi possible d'ajuster la contribution des différents sites au spectre total.

    Au cours de l'ajustement, le spectre modélisé est réaffiché en temps réel, afin de suivre la minimisation à l'écran.

    Utilisation des résultats des calculs de FEFF

    LASE permet de lire les fichiers paths.dat créés par FEFF afin de construire un modèle structural (s'il n'est pas déjà présent en mémoire), les différents chemins de réflexion associés et les amplitudes et déphasages correspondants.

    Validation des résultats obtenus

    LASE dispose des fonctions nécessaires à la simulation Monte-Carlo des ajustements, permettant de déterminer les valeurs moyennes et les erreurs sur ces valeurs pour les différents paramètres recherchés au cours de l'ajustement, sans autre hypothèse que le caractère gaussien de la distribution des valeurs expérimentales.


    Nouveautés

    Version du 22 janvier 2001

    • la sélection automatique du potentiel de l'atome absorbeur, dans le paramétrage de FEFF (bouton choisir) est plus intelligente : elle choisit d'abord parmi les atomes marqués comme absorbeurs de la molécule courante ; s'il n'y en a pas, parmi les absorbeurs potentiels de la molécule courante , en dernier recours, parmi tous les atomes en mémoire.
    • la sauvegarde des fichiers feff.inp ne plante plus quand un potentiel 0 est défini sans atome associé, mais avec des atomes pour les autres potentiels (je ne pense pas qu'un tel fichier soit accepté par FEFF, ceci dit).
    • Version X-Window : il est possible, dans les champs éditables (textes), de passer en mode « remplacement » (curseur carré, ancien mode) ou « insertion » (curseur linéaire), en utilisant la touche Inser
    • Version Windows : recompilée avec la nouvelle cygwin, ce qui permet le chargement correct des fichiers expérimentaux du poste expérimental exafs-2. Une série de redimensionnements des fenêtres ne conduit plus à un écran blanc. Cette version reste expérimentale ! Si vous le pouvez, utilisez la version unix.

    Version du 12 janvier 2001

    • possibilité de calculer l'angle entre trois atomes du modèle structural, en cliquant sur ces trois atomes sur la vue 3D
    • calcul des distances entre atomes en cliquant sur les divers atomes sur la vue en 3D, selon plusieurs modes (en particulier, en choisissant un atome de référence et en calculant toutes les distances par rapport à cet atome)
    • possibilité de créer et sélectionner les atomes absorbeurs directement sur la vue tridimensionnelle (Ctrl-clic sur l'atome choisi)
    • possibilité de scinder en plusieurs zones la fenêtre d'affichage des spectres superposés, les spectres et grossissements affichés dans chaque zone étant indépendants et librement définissables (on peut ainsi avoir à gauche la comparaison des spectres exafs, à droite celle des transformées de Fourier dans la même fenêtre)
    • possibilité d'adapter le grossissement en Y pour un intervalle en X défini par l'utilisateur
    • possibilité d'afficher, dans la fenêtre de normalisation d'un seuil, un seuil de référence pour faciliter la normalisation relative de deux seuils (appuyer sur r dans la fenêtre)

    Version d'août 2000

    • corrigé une erreur dans la génération des spectres à ajuster par la méthode de Monte-Carlo, pouvant conduire à sous-estimer les incertitudes sur les paramètres ajustés dans certains cas.

    Version du 14 juillet 2000

    • compile proprement sur Irix 5 et Irix 6.2 ;
    • plus de « BadMatch » en ouvrant la fenêtre d'affichage 3D sous Irix avec un écran en 256 couleurs ;
    • plus d'erreur en corrigeant les énergies avec une énergie nulle.
    • possibilité de ne sélectionner que certains spectres d'un fichier même quand on ne regroupe pas ces spectres en un seul spectre moyen.

    Version du 24 mai 2000

    • possibilité de sauvegarder et charger les paramètres d'extraction des oscillations EXAFS (fichier ASCII qui peut être lu par n'importe quelle version de LASE, sur toute machine) ;
    • possibilité de déplacer un atome en modifiant uniquement sa distance à l'absorbeur, en le déplaçant le long de la droite (absorbeur, atome) ;
    • génération des fichiers POV, pour réaliser des illustrations à partir de la vue tridimensionnelle, améliorée : elle tient compte des paramètres d'affichage (taille des sphères, sélection d'atomes visibles) et inclus le chemin de réflexion sélectionné, s'il existe ;
    • corrigé la génération des fichiers FEFF (type de potentiel à utiliser, auparavant incorrectement indiqué) ;
    • paramètres statistiques d'un graphe : estime maintenant la médiane et le moment centré absolu d'ordre 1 ;
    • possibilité de calculer la contribution individuelle de chaque couche utilisée dans un ajustement. Cette contribution apparaît sur la vue 3D quand le chemin correspondant est sélectionné, pour une comparaison rapide au signal expérimental ;
    • les paramètres d'extraction de µ0, I quand on tronque la fin du spectre (utilisation d'un 2e point de contrôle marquant la fin) sont adaptés dans la boîte de dialogue de reproduction de l'extraction ;
    • groupes d'espace reconnus : P1, P-1, P2, P2/c, C2/c, Pnma.


    Pour davantage d'informations

    N'hésitez pas à me contacter par courrier électronique : Emmanuel CURIS